Kore-eda a eu l’idée de Après la tempête en 2001, après la mort de son père. Sa mère a dû alors vivre toute seule dans une cité HLM : « Lorsque je suis allé la voir pendant les vacances du Nouvel an, j’ai pensé que j’aimerais filmer un jour une histoire sur cet ensemble de résidences. La première chose qui me vint à l’esprit était une scène de déambulation à travers l’ensemble des bâtiments avec à leur pied l’herbe devenue très belle au lendemain du typhon. J’avais des souvenirs de mon enfance, sur le chemin de l’école, lorsque je ramassais des branches d’arbre tombées sur le sol. Je me souviens de la beauté de la résidence après l’orage. À partir de là, en me concentrant sur les évènements qui se sont déroulés pendant la nuit du typhon, l’histoire d’une famille commença à prendre forme ».
Le tournage a eu lieu à l’Asahigaoka Housing Complex de Kiyose de Tokyo où le réalisateur Kore-eda a vécu de l’âge de 9 à 28 ans. Les résidents qui l’avaient connu venaient sur le plateau pour voir ce qui se passait et le féliciter pour ce qu’ils considéraient comme un retour triomphant.
Le titre du film au Japon est Umi yori mo Mada Fukaku ce qui veut dire Plus profond que la mer. Ce titre vient des paroles de la chanson Wakare no Yokan (1987) de Teresa Teng, qui était connue en tant que « diva de l’Asie » et jouissait d’une grande popularité au Japon.