Une vie cachée relate le destin de Franz Jägerstätter, fermier autrichien qui refusa de prêter allégeance à Hitler. En août 1943, il a été exécuté dans un garage à la prison Brandenburg de Berlin. Le film s’appuie sur sa correspondance avec sa femme Franziska recueillie par Erna Putz et publiée en anglais par Orbis Books. C’est grâce aux recherches du pacifiste américain Gordon Zahn, qui visita le village où vivait Jägerstätter dans les années 1970, que cette histoire est sortie de l’oubli.
Le tournage a duré huit semaines entre juillet et août 2016. La production a passé 24 jours dans le Sud-Tyrol, une province d’Italie, puis s’est rendue en Autriche où elle a tourné pendant quelques jours à St Radegund même, le village où vivaient les Jägerstätter. Pour les scènes de prison, la production a passé les 14 derniers jours entre Zittau et Berlin.
Pour reconstituer les décors et les lieux fréquentés par Franz Jägerstätter de son vivant, le chef-décorateur Sebastian Krawinkel a parcouru les lettres et les archives disponibles. Certains sites ont été repérés avec un an d’avance pour pouvoir les filmer à la bonne saison. La production a investi des églises, des cathédrales, d’authentiques fermes d’élevage, de véritables prisons, dont Hoheneck, l’établissement pénitentiaire de la Stasi, et le Kammergericht, palais de justice où de nombreux opposants au régime nazi furent condamnés à mort. Elle a même pu tourner dans des intérieurs de la maison des Jägerstätter, devenue un lieu de pèlerinage au fil des années.